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Montaje de secuencias

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En bioinformática, el montaje o ensamblaje de secuencias se refiere al alineamiento y mezcla de múltiples fragmentos de una secuencia de ADN mucho mayor para reconstruir la secuencia original. Normalmente los fragmentos cortos provienen de secuenciación "por perdigonada" (shotgun) de ADN genómico, o de transcripción genética (ESTs, o marcadores de secuencia expresada). * Phrap, por Phil Green, de la University de Washington. * TIGR Assembler, por Granger Sutton, The Institute for Genomic Research. * CAP3, por Xiaoqiu Huang, del Michigan Technological University.

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En bioinformática, el montaje o ensamblaje de secuencias se refiere al alineamiento y mezcla de múltiples fragmentos de una secuencia de ADN mucho mayor para reconstruir la secuencia original. Normalmente los fragmentos cortos provienen de secuenciación "por perdigonada" (shotgun) de ADN genómico, o de transcripción genética (ESTs, o marcadores de secuencia expresada). La primera generación de montadores de secuencias empezaron a aparecer en los últimos 80 y primeros 90 del siglo XX, para reconstruir las grandes cantidades de fragmentos generadas por . Estos ensambladores de primera generación utilizaban varias estrategias para manejar las secuencias repetitivas y los errores de secuenciación, que podían confundir el ensamblado. Sin embargo, no podían manejar genomas mucho más largos que los de una bacteria (varios millones de bases de ADN), y fueron siendo reemplazados conforme el campo se movía hacia genomas mayores. Los que se relacionan a continuación fueron montadores de primera generación ampliamente usados en los 90 en universidades, instituciones gubernamentales y en la industria: * Phrap, por Phil Green, de la University de Washington. * TIGR Assembler, por Granger Sutton, The Institute for Genomic Research. * CAP3, por Xiaoqiu Huang, del Michigan Technological University. Ensambladores modernos, como DNA Baser,​ han traído importantes mejoras sobre los de primera generación reduciendo el tiempo necesario para crear un contig desde decenas de minutos a segundos, usando algoritmos de ensamblado inteligente, ensamblado por lotes, y detección automática de calidad y zonas terminales de corte.

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