| dbo:abstract
|
- En bioinformática, el montaje o ensamblaje de secuencias se refiere al alineamiento y mezcla de múltiples fragmentos de una secuencia de ADN mucho mayor para reconstruir la secuencia original. Normalmente los fragmentos cortos provienen de secuenciación "por perdigonada" (shotgun) de ADN genómico, o de transcripción genética (ESTs, o marcadores de secuencia expresada). La primera generación de montadores de secuencias empezaron a aparecer en los últimos 80 y primeros 90 del siglo XX, para reconstruir las grandes cantidades de fragmentos generadas por . Estos ensambladores de primera generación utilizaban varias estrategias para manejar las secuencias repetitivas y los errores de secuenciación, que podían confundir el ensamblado. Sin embargo, no podían manejar genomas mucho más largos que los de una bacteria (varios millones de bases de ADN), y fueron siendo reemplazados conforme el campo se movía hacia genomas mayores. Los que se relacionan a continuación fueron montadores de primera generación ampliamente usados en los 90 en universidades, instituciones gubernamentales y en la industria:
* Phrap, por Phil Green, de la University de Washington.
* TIGR Assembler, por Granger Sutton, The Institute for Genomic Research.
* CAP3, por Xiaoqiu Huang, del Michigan Technological University. Ensambladores modernos, como DNA Baser, han traído importantes mejoras sobre los de primera generación reduciendo el tiempo necesario para crear un contig desde decenas de minutos a segundos, usando algoritmos de ensamblado inteligente, ensamblado por lotes, y detección automática de calidad y zonas terminales de corte. (es)
- En bioinformática, el montaje o ensamblaje de secuencias se refiere al alineamiento y mezcla de múltiples fragmentos de una secuencia de ADN mucho mayor para reconstruir la secuencia original. Normalmente los fragmentos cortos provienen de secuenciación "por perdigonada" (shotgun) de ADN genómico, o de transcripción genética (ESTs, o marcadores de secuencia expresada). La primera generación de montadores de secuencias empezaron a aparecer en los últimos 80 y primeros 90 del siglo XX, para reconstruir las grandes cantidades de fragmentos generadas por . Estos ensambladores de primera generación utilizaban varias estrategias para manejar las secuencias repetitivas y los errores de secuenciación, que podían confundir el ensamblado. Sin embargo, no podían manejar genomas mucho más largos que los de una bacteria (varios millones de bases de ADN), y fueron siendo reemplazados conforme el campo se movía hacia genomas mayores. Los que se relacionan a continuación fueron montadores de primera generación ampliamente usados en los 90 en universidades, instituciones gubernamentales y en la industria:
* Phrap, por Phil Green, de la University de Washington.
* TIGR Assembler, por Granger Sutton, The Institute for Genomic Research.
* CAP3, por Xiaoqiu Huang, del Michigan Technological University. Ensambladores modernos, como DNA Baser, han traído importantes mejoras sobre los de primera generación reduciendo el tiempo necesario para crear un contig desde decenas de minutos a segundos, usando algoritmos de ensamblado inteligente, ensamblado por lotes, y detección automática de calidad y zonas terminales de corte. (es)
|
| rdfs:comment
|
- En bioinformática, el montaje o ensamblaje de secuencias se refiere al alineamiento y mezcla de múltiples fragmentos de una secuencia de ADN mucho mayor para reconstruir la secuencia original. Normalmente los fragmentos cortos provienen de secuenciación "por perdigonada" (shotgun) de ADN genómico, o de transcripción genética (ESTs, o marcadores de secuencia expresada).
* Phrap, por Phil Green, de la University de Washington.
* TIGR Assembler, por Granger Sutton, The Institute for Genomic Research.
* CAP3, por Xiaoqiu Huang, del Michigan Technological University. (es)
- En bioinformática, el montaje o ensamblaje de secuencias se refiere al alineamiento y mezcla de múltiples fragmentos de una secuencia de ADN mucho mayor para reconstruir la secuencia original. Normalmente los fragmentos cortos provienen de secuenciación "por perdigonada" (shotgun) de ADN genómico, o de transcripción genética (ESTs, o marcadores de secuencia expresada).
* Phrap, por Phil Green, de la University de Washington.
* TIGR Assembler, por Granger Sutton, The Institute for Genomic Research.
* CAP3, por Xiaoqiu Huang, del Michigan Technological University. (es)
|
