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- Phyre y Phyre2 ( P rotein H omology / Analog Y R ecognition E ngine; pronunciado como 'fuego' en inglés) son servicios gratuitos basados en una interfaz la web para la predicción de la estructura de proteínas . Phyre es uno de los métodos más populares para la predicción de la estructura de proteínas que se ha citado más de 1500 veces. Al igual que otras técnicas de modelado por homología remota (ver subprocesamiento de proteínas ), es capaz de generar regularmente modelos de proteínas confiables cuando otros métodos ampliamente utilizados, como el PSI-BLAST, no pueden. Phyre2 ha sido diseñado para garantizar una interfaz fácil de usar para los usuarios no expertos en métodos de predicción de la estructura de proteínas. Su desarrollo está financiado por el Consejo de Investigación de Biotecnología y Ciencias Biológicas . Los servidores Phyre y Phyre2 predicen la estructura tridimensional a partir de una secuencia de proteínas utilizando los principios y técnicas de modelado por homología . Debido a que la estructura de una proteína está más conservada en la evolución que su secuencia de aminoácidos, la estructura de una secuencia de proteína de interés (la diana) puede modelarse con una precisión razonable a partir de una estructura conocida cuya secuencia este muy relacionada con la estructura conocida (la plantilla), siempre que la relación entre el objetivo y la plantilla se puede discernir a través de la alineación de secuencias . Actualmente, los métodos más potentes y precisos para detectar y alinear secuencias relacionadas de forma remota se basan en perfiles o modelos ocultos de Markov (HMM) . Estos perfiles / HMM capturan la propensión mutacional de cada posición en una secuencia de aminoácidos basada en mutaciones observadas en secuencias relacionadas y pueden considerarse como una "huella dactilar evolutiva" de una proteína en particular. Típicamente, las secuencias de aminoácidos de un conjunto representativo de todas las estructuras de proteínas tridimensionales conocidas se compilan, y estas secuencias se procesan por comparación contra una gran base de datos de secuencias de proteínas. El resultado es una base de datos de perfiles o HMM, una para cada estructura 3D conocida. Una secuencia provista por el usuario se procesa de manera similar para formar un perfil / HMM. Este perfil de usuario se escanea contra la base de datos de perfiles utilizando técnicas de alineación de perfil de perfil o HMM-HMM. Estas alineaciones también pueden tomar en cuenta los patrones de elementos de la estructura secundaria predichos o conocidos y se pueden calificar utilizando varios modelos estadísticos. Ver la predicción de la estructura de la proteína para más información. El primer servidor Phyre se lanzó en junio de 2005 y utiliza un algoritmo de alineación de perfil-perfil basado en la matriz de puntuación específica de cada proteína. El servidor Phyre2 se lanzó públicamente en febrero de 2011 como un reemplazo para el servidor Phyre original y proporciona funcionalidad adicional sobre Phyre, una interfaz más avanzada, una biblioteca de pliegues completamente actualizada y utiliza el paquete HHpred / HHsearch para la detección de homología entre otras mejoras. (es)
- Phyre y Phyre2 ( P rotein H omology / Analog Y R ecognition E ngine; pronunciado como 'fuego' en inglés) son servicios gratuitos basados en una interfaz la web para la predicción de la estructura de proteínas . Phyre es uno de los métodos más populares para la predicción de la estructura de proteínas que se ha citado más de 1500 veces. Al igual que otras técnicas de modelado por homología remota (ver subprocesamiento de proteínas ), es capaz de generar regularmente modelos de proteínas confiables cuando otros métodos ampliamente utilizados, como el PSI-BLAST, no pueden. Phyre2 ha sido diseñado para garantizar una interfaz fácil de usar para los usuarios no expertos en métodos de predicción de la estructura de proteínas. Su desarrollo está financiado por el Consejo de Investigación de Biotecnología y Ciencias Biológicas . Los servidores Phyre y Phyre2 predicen la estructura tridimensional a partir de una secuencia de proteínas utilizando los principios y técnicas de modelado por homología . Debido a que la estructura de una proteína está más conservada en la evolución que su secuencia de aminoácidos, la estructura de una secuencia de proteína de interés (la diana) puede modelarse con una precisión razonable a partir de una estructura conocida cuya secuencia este muy relacionada con la estructura conocida (la plantilla), siempre que la relación entre el objetivo y la plantilla se puede discernir a través de la alineación de secuencias . Actualmente, los métodos más potentes y precisos para detectar y alinear secuencias relacionadas de forma remota se basan en perfiles o modelos ocultos de Markov (HMM) . Estos perfiles / HMM capturan la propensión mutacional de cada posición en una secuencia de aminoácidos basada en mutaciones observadas en secuencias relacionadas y pueden considerarse como una "huella dactilar evolutiva" de una proteína en particular. Típicamente, las secuencias de aminoácidos de un conjunto representativo de todas las estructuras de proteínas tridimensionales conocidas se compilan, y estas secuencias se procesan por comparación contra una gran base de datos de secuencias de proteínas. El resultado es una base de datos de perfiles o HMM, una para cada estructura 3D conocida. Una secuencia provista por el usuario se procesa de manera similar para formar un perfil / HMM. Este perfil de usuario se escanea contra la base de datos de perfiles utilizando técnicas de alineación de perfil de perfil o HMM-HMM. Estas alineaciones también pueden tomar en cuenta los patrones de elementos de la estructura secundaria predichos o conocidos y se pueden calificar utilizando varios modelos estadísticos. Ver la predicción de la estructura de la proteína para más información. El primer servidor Phyre se lanzó en junio de 2005 y utiliza un algoritmo de alineación de perfil-perfil basado en la matriz de puntuación específica de cada proteína. El servidor Phyre2 se lanzó públicamente en febrero de 2011 como un reemplazo para el servidor Phyre original y proporciona funcionalidad adicional sobre Phyre, una interfaz más avanzada, una biblioteca de pliegues completamente actualizada y utiliza el paquete HHpred / HHsearch para la detección de homología entre otras mejoras. (es)
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- herramientas de Bioinformatica para prediccion de estructuras proteicas (es)
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- Phyre y Phyre2 ( P rotein H omology / Analog Y R ecognition E ngine; pronunciado como 'fuego' en inglés) son servicios gratuitos basados en una interfaz la web para la predicción de la estructura de proteínas . Phyre es uno de los métodos más populares para la predicción de la estructura de proteínas que se ha citado más de 1500 veces. Al igual que otras técnicas de modelado por homología remota (ver subprocesamiento de proteínas ), es capaz de generar regularmente modelos de proteínas confiables cuando otros métodos ampliamente utilizados, como el PSI-BLAST, no pueden. Phyre2 ha sido diseñado para garantizar una interfaz fácil de usar para los usuarios no expertos en métodos de predicción de la estructura de proteínas. Su desarrollo está financiado por el Consejo de Investigación de B (es)
- Phyre y Phyre2 ( P rotein H omology / Analog Y R ecognition E ngine; pronunciado como 'fuego' en inglés) son servicios gratuitos basados en una interfaz la web para la predicción de la estructura de proteínas . Phyre es uno de los métodos más populares para la predicción de la estructura de proteínas que se ha citado más de 1500 veces. Al igual que otras técnicas de modelado por homología remota (ver subprocesamiento de proteínas ), es capaz de generar regularmente modelos de proteínas confiables cuando otros métodos ampliamente utilizados, como el PSI-BLAST, no pueden. Phyre2 ha sido diseñado para garantizar una interfaz fácil de usar para los usuarios no expertos en métodos de predicción de la estructura de proteínas. Su desarrollo está financiado por el Consejo de Investigación de B (es)
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