La enzima FokI es una endonucleasa de restricción (EC 3.1.21.4) de tipo IIS de bacterias que se encuentra naturalmente en y consiste en un dominio de unión al ADN en el extremo N-terminal de la enzima y un dominio de corte no específico en el extremo C-terminal. Una vez que la proteína se une a ADN dúplex a través de su dominio de unión en el sitio de reconocimiento 5'-GGATG-3 ': 5'-CATCC-3', el dominio de corte de ADN se activa y corta de forma no específica entre nueve y trece nucleótidos hacia abajo del sitio de reconocimiento. El peso molecular de esta enzima es de 65,4 kDa y se compone de 587 aminoácidos.
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