Eugene Merle Shoemaker (también conocido como Gene Shoemaker) (28 de abril de 1928 - 18 de julio de 1997) fue uno de los fundadores de las ciencias planetarias y el más conocido de los codescubridores del cometa Shoemaker-Levy 9 junto con su esposa Carolyn Jean Spellmann y el astrónomo David Levy.