Las Elecciones municipales del Cusco de 2006 fueron parte de las elecciones municipales del Perú en 2002. En ellas se eligió al alcalde provincial del Cusco y a 13 regidores para el periodo 2003-2006 resultando elegida la candidata Marina Sequeiros Montesinos por el partido Unión por el Perú. Obtuvo 37 718 votos que representaron el 21.416% de los votos válidos emitidos en esa elección.