La Copa Confederación de la CAF 2016 fue la 13º edición del segundo torneo de fútbol a nivel de clubes más importante de África organizado por la CAF. El ganador participará en la Supercopa de la CAF 2017. Étoile du Sahel de Túnez fueron los campeones defensores y después de la calificación para la Liga de Campeones de la CAF 2016, entraron en la Copa Confederación de la CAF 2016 tras perder en la segunda ronda de la Liga de Campeones, pero fueron eliminados en semifinales.