El condado de San Juan es uno de los 33 condados del estado estadounidense de Nuevo México. La sede del condado es Aztec, y su mayor ciudad es Farmington. El condado tiene un área de 14.344 km² (de los cuales 63 km² están cubiertos por agua) y una población de 113.801 habitantes, para una densidad de población de 8 hab/km² (según censo nacional de 2000). Este condado fue fundado en 1887.