El condado de Doniphan (en inglés: Doniphan County) es un condado en el estado estadounidense de Kansas. En el censo de 2000 el condado tenía una población de 8.249 habitantes. Forma parte del . La sede de condado es Troy. El condado fue fundado el 25 de agosto de 1855 y fue nombrado en honor al coronel Alexander William Doniphan, quien luchó en la Guerra mexicana-estadounidense.