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Los trastornos funcionales producen un gran deterioro de la calidad de vida e incomprensión, incluso superiores a los relacionados con dolencias orgánicas.​ Se ha demostrado que tanto el estrés como los problemas psicológicos o psiquiátricos provocan malos hábitos alimenticios y esta mala nutrición causa diversos trastornos de salud, incluyendo problemas gastrointestinales, y empeora la salud mental, en una especie de círculo vicioso.​ Antes de instaurar un tratamiento, el paciente debe ser evaluado para excluir otros diagnósticos con síntomas similares a los del SII.​ No obstante, a los médicos se les recomienda que minimicen el uso de pruebas médicas:​ habitualmente diagnostican un SII empleando los , que permiten dar el diagnóstico simplemente basándose en los síntomas digestivos sin la realización de ninguna prueba ni exploración complementaria,​​​​ por lo que suponen un abaratamiento de los costes, pero no tienen suficiente precisión.​ Asimismo, cuando se realizan pruebas complementarias, los criterios propuestos para su elección dependen de los recursos disponibles.​ Normalmente, los médicos interrogan minuciosamente al paciente para descartar síntomas de alarma que indiquen un posible cáncer digestivo, pero se olvidan de buscar los síntomas o signos no digestivos que son claves fundamentales para poder sospechar enfermedades orgánicas que pueden afectar a múltiples órganos, entre las cuales una de las más frecuentes es la enfermedad celíaca.​ En más del 20% de los casos transcurren diez años antes de que el médico sospeche su presencia y realice todas las pruebas necesarias para su diagnóstico.​ La complejidad y diversidad de la presentación del SII hacen que el tratamiento sea variado​ y depende de los síntomas y de su gravedad.​ Entre las medidas dietéticas, se aconseja una dieta sin gluten,​​ que es eficaz aproximadamente en la mitad de los pacientes,​ y baja en FODMAP (hidratos de carbono fermentables).​​ La dieta sin gluten es una dieta segura y equilibrada, que no provoca ningún efecto secundario negativo.​ Por el contrario, el seguimiento de una dieta baja en FODMAP, si bien ayuda a controlar los síntomas digestivos a corto plazo,​​​​ a largo plazo puede acarrear efectos negativos,​​​​ alterando desfavorablemente la flora intestinal​​​​ y la correcta ingesta de nutrientes.​ Aunque los FODMAP pueden provocar ciertas molestias digestivas, como hinchazón abdominal, en realidad no solo no causan inflamación intestinal, sino que la evitan y ejercen propiedades anticancerígenas.​​​ Para manejar el estreñimiento, se recomienda aumentar el consumo de fibra, que puede incluir la toma de suplementos de psyllium.​ Fármacos como la loperamida y la colestiramina pueden ser útiles en el SII con predominio de diarrea, y laxantes tipo polietilenglicol y la linaclotida en el SII con predominio de estreñimiento.​ Para el dolor, que suele ser difícil de controlar, se pueden emplear espasmolíticos del músculo liso.​ Muchas personas pasan años diagnosticadas por error como SII o no son nunca correctamente diagnosticadas ni tratadas, cuando en realidad padecen enfermedad celíaca o sensibilidad al gluten no celíaca (pruebas negativas de enfermedad celíaca pero mejoría al eliminar el gluten).​​​ Es difícil relacionar con el consumo de gluten la aparición de los diversos y variados síntomas digestivos y no digestivos, principalmente debido a que normalmente estamos comiendo gluten inadvertidamente en cualquiera de las comidas diarias aparentemente libres de gluten, bien como aditivo o bien por contaminaciones cruzadas,​​ y las reacciones pueden ser retardadas, horas, días o incluso semanas.​ Especialmente en el caso de los síntomas de SII debidos a la sensibilidad al gluten no celíaca, los pacientes permanecen en una \"tierra de nadie\", sin ser reconocidos ni por los especialistas en trastornos funcionales ni por los especialistas en enfermedad celíaca.​" ] } },

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