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El Programa Flagship es una serie de misiones de la NASA para explorar el Sistema Solar. Es el mayor y de más presupuesto de los tres programas existentes para explorar el Sistema Solar -los otros dos son el programa de medio coste New Frontiers y el programa de menor coste Discovery. Según la NASA, el presupuesto de una misión del Programa Flagship oscila entre los 2 mil millones y 3 mil millones de dólares. Estas misiones serán cruciales y permitirán al ser humano alcanzar y explorar objetivos de alta prioridad. Estos objetivos especialmente importantes podrían ayudar a localizar en los límites del espacio lugares con posibilidad de darse habitabilidad planetaria, no sólo para el Sistema Solar, sino también para sistemas planetarios en general. Potencialmente proporcionan la oportunidad para identificar moléculas orgánicas prebióticas o incluso vida fuera de la Tierra, en caso de existir, en el Sistema Solar. Los objetivos de las misiones del Programa Flagship incluyen misiones complejas a la atmósfera y superficie de Venus, la atmósfera baja y superficie de Titán, la superficie y el subsuelo de Europa, la profunda atmósfera de Neptuno, la superficie de su luna, Tritón, y la superficie del núcleo de un cometa donde se conservan muestras conservadas criogénicamente.​
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