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BioJava​ es un proyecto de código abierto dedicado a proveer herramientas Java para el procesamiento de datos biológicos.​​ BioJava es un conjunto de bibliotecas escritas en el lenguaje de programación Java para manipular secuencias, estructuras de proteínas, conversores de archivos (file parsers), la interoperabilidad CORBA, el DAS, el acceso a AceDB, programación dinámica y rutinas estadísticas simples. BioJava es compatible con una amplia gama de datos, a partir de ADN y secuencias de proteínas a nivel de las estructuras 3D de proteínas. Las bibliotecas BioJava son útiles para la automatización de muchas tareas cotidianas y mundanas de la bioinformática como para analizar un archivo PDB , interactuando con Jmol y muchos más. Esta interfaz de programación de aplicaciones ofrece diversos
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BioJava​ es un proyecto de código abierto dedicado a proveer herramientas Java para el procesamiento de datos biológicos.​​ BioJava es un conjunto de bibliotecas escritas en el lenguaje de programación Java para manipular secuencias, estructuras de proteínas, conversores de archivos (file parsers), la interoperabilidad CORBA, el DAS, el acceso a AceDB, programación dinámica y rutinas estadísticas simples. BioJava es compatible con una amplia gama de datos, a partir de ADN y secuencias de proteínas a nivel de las estructuras 3D de proteínas. Las bibliotecas BioJava son útiles para la automatización de muchas tareas cotidianas y mundanas de la bioinformática como para analizar un archivo PDB , interactuando con Jmol y muchos más. Esta interfaz de programación de aplicaciones ofrece diversos programas de análisis de archivos, modelos de datos y algoritmos para facilitar el trabajo con los formatos de datos estándar y permite el desarrollo rápido de aplicaciones y análisis. Estas bibliotecas también se han utilizado en el desarrollo de diversas herramientas de análisis extendido, por ejemplo : * MUSI : Un sistema integrado para la identificación de la especificidad múltiple de un péptido de gran tamaño o un conjunto de datos de ácidos nucleicos​ * JEnsembl : Un version-aware de Java API para los sistemas de datos Ensembl​ * Perfiles de expresión de grupos de firmas genéticas con el método de amplificación Trinucleotide threading (TnT)​ * La resolución de las características estructurales de las islas genómicas : un enfoque de aprendizaje automático​ * Biblioteca de utilidad para la bioinformática estructural​ El proyecto BioJava surgió del trabajo de Thomas Down y Mateo Pocock para crear una API para simplificar el desarrollo de herramientas bioinformáticas basadas en Java. BioJava es un proyecto de código abierto activo que se ha desarrollado durante más de 12 años y con más de 60 desarrolladores. BioJava es uno de una serie de Bio *. Proyectos diseñados para reducir la duplicación de código.​ Los ejemplos de este tipo de proyectos que se enmarcan en Bio * aparte de BioJava son BioPython ,​ BioPerl ,​BioRuby ,​ EMBOSS​ etc. La última versión de BioJava (3.0.5) es una importante actualización de las versiones anteriores. La nueva versión de BioJava contiene varios módulos independientes. El viejo proyecto ha sido trasladado a un proyecto independiente llamado proyecto BioJava-legacy. La versión más reciente de BioJava es 4.1.0.