El Torneo Femenino Apertura 2006 fue la vigésima primera edición del Campeonato Femenino de Fútbol organizado por la Asociación del Fútbol Argentino. Participaron nueve equipos y el campeón fue Boca Juniors luego de vencer a San Lorenzo en un partido de desempate, ya que ambos equipos habían igualado en puntos en la primera posición de la tabla.